为在医药工业洁净厂房设计中贯彻执行国家有关方针政策和《药品生产质量管理规范》，在新建、扩建和改建的医药工业洁净厂房的设计要做到技术先进、经济适用、安全可靠、确保质量，满足节约能源和环境保护的要求。
洁净厂房在设计前期，就需要考虑到厂房施工安装、维护管理、安全运行和检修测试创造必要的条件。并安装洁净厂房生产产品的类别合理安排需要的净化等级。
一般的洁净厂房设计时的大的流程基本相同。